Es ist schon einige Jahre her, dass das vorlaute Zebra Marty, der von sich überzeugte Löwe Alex, die sensible Giraffe Melman und die stets auf sich bedachte Nilpferddame Gloria aus dem Zoo von New York entwichen sind. Nach einem unfreiwilligen Aufenthalt auf der Insel Madagascar waren sie im zweiten Teil ihres Kinoabenteuers nach Afrika gekommen. Sie fanden dort neue Freunde wie Julien, den König der Lemuren, und die vier Pinguine Skipper, Private, Kowalski und Rico. Dennoch träumen sie von einer Rückkehr in die alte Heimat. Ihre Reise führt sie im dritten Teil quer durch Europa. Dort befinden sie sich plötzlich auf der Flucht vor der bösen Tierfängerin Capitaine Chantel DuBois, die Jagd auf sie macht. Mit Hilfe eines Wanderzirkus hoffen die vier Freunde, New York doch noch zu erreichen. Damit beginnt ein Reise-, Zirkus- und Fantasy-Abenteuer, das beste Unterhaltung für Jung und Alt garantiert.